Liceul Experimental de Creativitate și Inventică „Prometeu” s-a născut la două zile după declararea Independenței Republicii Moldova – prin Hotărârea de Guvern nr. 473 din 29 august 1991.
Legislația din acea perioadă nu permitea înființarea școlilor private, drept care Asociația de Creație „TOCONO” („Totul Copiilor Noștri”) a obținut aprobarea directă a Domnului Președinte Mircea Snegur, asumându-și întreaga responsabilitate pentru buna desfășurare a unui nou „experiment” în practica educațională post-sovietică.
Ulterior, pe baza experienței Liceului „Prometeu” (care a creat un precedent juridic), în Legea Învățământului nr. 547 din 21.07.1995 au fost incluse și prevederi cu privire la învățământul de alternativă.
Liceul a fost înființat cu scopul reformării școlii naționale în spiritul democrației, patriotismului și aplicării principiilor general- umane și creștine în educarea tinerei generații. Drept suport teoretic al Liceului a servit „Conceptul dezvoltării personalității elevului în condițiile învățământului de alter-nativă”, elaborat de către doctorul în psihologie Aurelian Silvestru, aprobat la Colegiul Ministerului Învățământului (la 30.V.1989) și publicat în săptămânalul „Făclia” (la 5 ianuarie 1990). Umăr la umăr cu Asociația „TOCONO” (Aurelian Silvestru) s-au aflat: întreprinderea tehnico-ştiinţifică „Planta-Vin” S.R.L. (Ștefan Cioclea) și Firma de producere şi cercetare „A.F.N.” S.R.L. (Tudor Nicu).
Deviza Liceului: „Sănătate, inteligență și talent, unite prin cultură într-o personalitate creativă, capabilă să ne reprezinte țara cu demnitate și spirit patriotic pretutindeni în lume și să pună umărul la prosperarea întregului popor”.
La doi ani de la înființare, în virtutea faptului că numărul elevilor înmatriculați la „Prometeu” sporea vertiginos, a început construirea noilor blocuri de studii (pe str. N. Iorga, 2 și pe strada A. Șciusev, 117). Complexul arhitectural a fost conceput astfel de către autorul său, A. Silvestru, încât elevii de la treapta primară să dispună de autonomie și să poată fi instruiți fără „influențele” elevilor din clasele mari. Acest fapt a permis descătușarea lor afirmativă și grăbirea maturizării lor școlare.
Unul dintre pilonii inovatori ai Liceului „Prometeu” a fost introducerea religiei ca obiect de studiu în școală încă din primele zile ale funcționării instituției. În anul 2001, au fost deschise larg și ușile bisericii „Sfânta Treime” construită în incinta claselor primare. Astfel, Liceul s-a transformat din prima instituție privată din Republica Moldova în unica școală cu un locaș de cult construit pentru copii.
În anul 2006, legislația Republicii Moldova cu privire la funcționarea școlilor de alternativă s-a modificat și a impus reînregistrarea lor nu ca societăți cu răspundere limitată, ci ca instituții de învățământ privat. Dat fiind faptul că numele noii instituții nu putea rămâne același, ea a fost înregistrată la Ministerul Justiției drept Liceul de Creativitate și Inventică „Prometeu-Prim”, având în calitate de Asociați următoarele trei organizații: „TOCONO”; „Planta-Vin”, S.R.L. şi „A.F.N.”, S.R.L.
Patru ani mai târziu, prin decizia unanimă a Asociaților acestei instituții, în luna decembrie 2010, Liceul „Prometeu-Prim” a fost reorganizat, prin divizare, în două instituții de învățământ separate: Școala Primară de Creativitate și Inventică „Prometeu-Junior” (cu clasele I–IV) și Liceul „Prometeu-Prim” (cu clasele V–XII).
Conform cerințelor legale, în anul 2007, Liceul a fost supus acreditării. După trei luni de studiere minuțioasă a documentației școlare și a felului cum se aplică în practică standardele educaționale de stat, comisia a adoptat, cu punctaj maximal, Decizia de Acreditare a Liceului de Creativitate și Inventică „Prometeu-Prim” (nr. 1218 din 27.XII.2007).
An de an, conform studiilor efectuate de către Ministerul Educației, Liceul „Prometeu” se află printre cele mai performante instituții de învățământ preuniversitar din Republica Moldova, iar în 2016 s-a situat pe primul loc în republică, cu cea mai înaltă medie generală la examenele de Bacalaureat.