Liceul „Prometeu” a fost înfiinţat în anul 1991, prin Hotărârea de Guvern nr. 473 din 29 august, la inițiativa Asociației de Creație „TOCONO” („Totul Copiilor Noștri”), fondată de Aurelian Silvestru, doctor în psihologie, scriitor. Conform articolului 1 al Hotărârii menţionate, Asociația de Creație „TOCONO” își asumă atribuții de fondator, privind deschiderea de la 1 septembrie 1991 în or.Chișinău a unui liceu experimental de creativitate și inventică, cu statut de instituție privată.
În prealabil, la 12 mai 1991, Aurelian Silvestru a obținut acordul în scris al Domnului Mircea Snegur, Președinte al Republicii Moldova, deoarece, la acea dată, nu exista un cadru juridic legal care să permită activitatea școlilor private, iar Ministerul Învățământului nu avea dreptul să aprobe înființarea unei astfel de instituții, fără avizul pozitiv al președintelui.
Astfel, Liceul de Creativitate și Inventică „Prometeu” a devenit prima instituție preuniversitară privată din Republica Moldova.
Suportul teoretic al înfiinţării Liceului a fost „Concepţia dezvoltării personalităţii elevului în condiţiile învăţământului de alternativă”, elaborată de Aurelian Silvestru – concepție discutată și aprobată la Colegiul Ministerului Învățământului din 14 februarie 1990, cu permisiunea aplicării ei în practică.
În perioada 1991-2001, Liceul „Prometeu” s-a extins, construindu-și din temelie bază materială pe str. Nicolae Iorga, 1 și 2 și pe str. A. Șciusev, 117. Toate construcțiile (blocuri de studii și clădiri auxiliare) au fost edificate în temeiul sugestiilor și schițelor arhitecturale concepute de Aurelian Silvestru. Pentru prima dată în Republica Moldova, în curtea Liceului a fost înălțată și o biserică, predarea religiei (o oră pe săptămână în clasele primare) fiind introdusă încă din primele zile ale funcționării instituției.
O altă particularitate inovatoare a Liceului „Prometeu” a fost angajarea (prin detașare) a unor cadre didactice din România – fapt ce a contribuit la modernizarea procesului educațional și la integrarea celor două sisteme de învățământ în temeiul unui vast schimb de experiență realizat, inclusiv, prin numeroase parteneriate didactice.
În anul  2001, Liceul „Prometeu” a fost înregistrat în Registrul de Stat al Republicii Moldova ca societate cu răspundere limitată, înscriind în calitate de Asociați, alături de Firma de Creație „TOCONO”, alte două organizații: „Planta-Vin” S.R.L. și „A.F.N.” S.R.L.
Conformându-se cu legislaţia în vigoare care cerea reorganizarea liceelor private din societăţi cu răspundere limitată în instituţii de învăţământ, la 29.06.2006, Liceul „Prometeu” a fost reorganizat în Instituția privată de Învățământ Liceul de Creativitate și Inventică „Prometeu-Prim”, având aceeași bază materială, același corp didactic și același contingent de elevi.
În octombrie 2007, Liceul „Prometeu” a fost supus acreditării de către Comisia Republicană de evaluare şi acreditare şi, în baza Deciziei Colegiului MET, a obţinut statutul de instituţie acreditată cu dreptul de prestare a serviciilor în învăţământul preşcolar, primar, gimnazial şi liceal.
La 07 decembrie 2010, Liceul a fost dezmembrat, prin separare, în două instituții de învățământ autonome: Liceul „Prometeu-Prim” și Școala primară de Creativitate și Inventică „Prometeu-Junior”.
Ulterior, la 03 iulie 2019, Școala primară „Prometeu-Junior” și-a extins genurile de activitate și, cu aprobarea Ministerului Educației, Culturii și Cercetării al Republicii Moldova, a fost înregistrată la Agenția Servicii Publice sub nr. IDNO 1010620008990, cu denumirea: Instituția Privată Liceul de Creativitate și Inventică „Prometeu-Protalent”, având în calitate de unic fondator Firma de Creație „TOCONO” (cu 100%), beneficiarul efectiv al instituției fiind Aurelian Silvestru.